Sono organi della Camera di Commercio di Foggia:
 

• un Consiglio, organo di indirizzo politico-amministrativo, composto da 22 consiglieri in rappresentanza delle Organizzazioni imprenditoriali e da 3 rappresentanti dei lavoratori, dei consumatori e dei liberi professionisti;
• una Giunta, organo esecutivo dell'Ente, composta da 8 componenti eletti dal Consiglio;
• un Presidente eletto dal Consiglio, cui spetta la legale rappresentanza dell'Ente;
• un Collegio dei revisori dei conti, formato da tre membri effettivi e da tre membri supplenti, con funzioni di controllo e verifica della corretta gestione economico finanziaria e della regolarità contabile.